A Pastoral da ESFA é uma abordagem de acompanhamento espiritual e formação religiosa direcionada aos estudantes universitários, inspirada nos valores e espiritualidade franciscanos. Seu objetivo é promover a integração da fé, cultura e ciência, oferecendo espaços para reflexão, diálogo, oração e aprofundamento da fé cristã no ambiente acadêmico. Além disso, busca cultivar valores como fraternidade, justiça, solidariedade e cuidado com a criação. A Pastoral Universitária Franciscana visa formar líderes comprometidos com o bem comum e o serviço aos mais necessitados, seguindo o exemplo de São Francisco de Assis.

A Pastoral da ESFA desempenha diversas atividades, como celebrações, grupos de estudos, orações, encontros, celebrações eucarísticas, confissões, eventos ecumênicos e inter-religiosos, encontros universitários, cursos de extensão e palestras, acolhida dos calouros, momentos oracionais na colação de grau, promoção de ações solidárias junto aos estudantes e docentes. Além disso, oferece um espaço de convivência e acolhimento chamado de Espaço Frater.

A equipe da Pastoral, composta pelo Frei Assessor e agentes pastorais, acompanha os alunos ao longo de sua trajetória universitária, transmitindo os valores que representam a forma franciscana de ser. A ênfase está no cuidado, manifestado através da proximidade, relação e comunhão. A Pastoral Universitária é um espaço de cultivo da comunhão e participação, onde se promove a consciência do papel e lugar de cada indivíduo na história. A espiritualidade, reflexão e ação socioeducacional são os pilares de atuação dessa pastoral.

Pela sua identidade cristã, católica e franciscana, a instituição valoriza a Pastoral Universitária, que se caracteriza pela escuta, acolhida, partilha, encontro, diálogo e valorização da diversidade cultural, étnica e religiosa. Sua contribuição visa uma formação mais humana e integral dos estudantes, de acordo com os princípios cristãos e os ideais de São Francisco de Assis.